Muuseumi tegevuse põhisuundade kavandamiseks, muuseumi töö paremaks korraldamiseks ja tegevust puudutavate oluliste küsimuste läbiarutamiseks on Valga Muuseumil oma nõukogu.
19. jaanuari 2023. a korraldusega nr 1-1.3/26 kinnitas Valga Vallavalitsus Valga Muuseumi uue nõukogu koosseisu:
Cristo Kahro − nõukogu esimees;
Maarja Mägi – Valga Vallavalitsuse asevallavanem, aseesimees;
Virve Tuubel – Eesti Rahva Muuseum;
Esta Mets – Sihtasutus Valga Isamaalise Kasvatuse Püsiekspositsioon;
Ester Kukk – Valga Muuseumisõprade Selts;
Teresa Sale – Valga Vallavolikogu esindaja;
Lauri Drubinš – Valga Vallavolikogu esindaja.